Järvemuuseumi põhiekspositsiooni moodustavad elusad eesti mageveekalad akvaariumides.

Väljapanek on unikaalne, sellises liigilises koguses mujal Eestis meie mageveekalu ei eksponeerita. Siseruumides on hulga akvaariume, kus praegu elavad järgmised liigid:ahven, angerjas, haug, karpkala, linask, latikas, nurg, säinas, säga, kiisk, koha, särg, roosärg, viidikas, hõbekoger, kuldkoger, turb, tuur, rünt, valge amuur, kaugida unimudil, angersäga, pangaasius, signaalvähk, kollakõrv-ilukilpkonn.

Kolikambrina seisnud Limnoloogiakeskuse endised akvaariumiruumid renoveeriti ja sisustati Võrtsjärve Sihtasutuse eestvedamisel ning nende projektide toel aastatel 2002–2006 Järvemuuseumiks.

Euroopa Regionaalarengu Fondi ja Keskkonnainvesteeringute Keskuse toel 2010–2014 hoone renoveeriti ja laiendati – saime endale 2. korruse avara õppeklassi ja ekspositsiooniruumidega. Renoveeriti vanad ja soetati uusi akvaariume, saime juurde põnevaid õppevahendeid ning järvele pääsuks parve.